Langt de fleste af kommunens vådområder er også omfattet af naturbeskyttelsesloven (Lov om Naturbeskyttelse, Lov nr. 9 af 3. januar 1992 med senere ændringer). Ifølge naturbeskyttelseslovens § 3 må der ikke foretages ændringer af tilstanden af de beskyttede naturtyper uden tilladelse fra Københavns Amt. Loven trådte i kraft 1. juli 1992 som afløser for den tidligere naturfredningslov, hvor de tilsvarende beskyttelsesbestemmelser fandtes i § 43 - 43 b.

Naturbeskyttelsesloven omfatter både naturlige og menneskeskabte søer, hvis der er tale om vandområder med et karakteristisk naturligt plante- og dyreliv. Den nuværende lov gælder for søer, som er større end 100 m2. Ved beregning af arealet indgår både udstrækningen af den sammenhængende åbne vandflade og det tilstødende vådområde. Søer, som udgør en del af en anden beskyttet naturtype, er beskyttet uanset størrelsen. Søer, der kun er vandfyldte en del af året, er omfattet, hvis de ikke indgår i landbrugsmæssig omdrift og i øvrigt udgør en integreret del af et beskyttet område.

Moser er omfattet af beskyttelsesbestemmelserne, hvis de udgør et sammenhængende areal på 2500 m2 eller derover, eller hvis de ligger i forbindelse med en sø på 100 m2 eller derover. Det er således principielt lovligt at ændre tilstanden af en mindre mose uden at søge tilladelse. Men hvis ændringen gør mosen til en sø, eller skaber et sammenhængende frit vandspejl på 100 m2 eller derover, er den beskyttet fremover. Derfor er det altid en god ide at kontakte Københavns Amt, hvis man ønsker at skabe eller genskabe en sø, eller foretage større restaureringsarbejder, som f.eks. mere omfattende oprensning af et vådområde.
Der skal ikke søges tilladelse til almindelig pleje som udtynding af træer og buske, opsamling af grene, blade m.v. fra søbunden eller høst af rørskov og vandplanter.

Naturbeskyttelsesloven indeholder også regler om bygge- og beskyttelseslinjer omkring beskyttede naturtyper, udsætning af dyr og planter, tidspunkter for rørskær og om offentlighedens færdsel i naturen. Specielle indgreb, som etablering af beluftningsanlæg til sørestaurering og -pleje, skal både godkendes i henhold til naturbeskyttelsesloven, vandløbsloven og miljøbeskyttelsesloven. Biomanipulation, som f.eks. udsætning af fisk til bekæmpelse af vandplanter eller opfiskning af uønskede fiskearter, kan desuden kræve godkendelse i henhold til fiskeriloven (Fiskeriloven, lov nr. 281 af 12. maj 1999).

Den fysiske planlægning har også betydning for vådområderne. I regionplanen er store arealer udpeget som biologiske, geologiske, landskabelige og/eller kulturhistoriske interesseområder eller som regionale friluftsområder. Inden for disse områder er udpeget arealer til genopretning af vådområder. Desuden kan det have betydning, om et vådområde ligger i by- eller landzone.

Værløses kommuneplan 1997-2009 fastlægger generelle rammer for de forskellige dele af kommunen og reserverer f.eks. kommuneplanområde F7 (Søkilen med søerne nr. 20-23) til rekreativt grønt område. Mere specifikke bestemmelser fremgår af lokalplaner, byplanvedtægter og deklarationer, som er tinglyst på de enkelte ejendomme.

En del af søerne i Hareskov By fungerer som reservoir for regnvandsafløb (i henhold til Landvæsenskommissionskendelse af 23.05.1962 om Hareskov kloaksystem). Det indebærer, at vandspejlet i søerne kan stige i forbindelse med regnskyl. På mange af ejendommene i området er der derfor tinglyst servitutter, som angiver, hvor høj en vandstand der må påregnes i søerne ved fuld udnyttelse af vandreservoiret.

Siden 1982 er der blevet opsat vandstandsmålere i nogle af søerne, for at gøre det lettere at føre tilsyn med vandstanden og f.eks. konstatere forstoppelser i systemet. Sammenligning af målingerne for de enkelte år kan bruges til at vurdere, om der er behov for regulering af tilløbs- og afløbsforhold eller andre tiltag, for at forbedre den naturmæssige tilstand i og omkring søerne.